A história da Avianca Equador começou em 2010, quando o Grupo Avianca decidiu adquirir o controle da Aerogal – Aerolineas Galapagos. Em 2014, quando houve a troca de nome da companhia aérea, a Avianca Equador então começava a existir com uma frota de 6 Airbus A319 e 2 Airbus A320.

Nos últimos dois anos retirou de operação um Airbus A319 e adquiriu dois Airbus A320.

Frota da Empresa